Para obtener los datos que deseas es necesario que hagas subconsultas, intenta con lo siguiente y dime si funciona:

"SELECT D.AP_PAT,D.AP_MAT,D.NOMBRE,D.ESPECIALIDAD,(SELECT COUNT(*) FROM CD WHERE CD.CI_DOC = D.CI_DOC AND CD.OBS_IN = 'Permiso') AS[FALTAS C/L],(SELECT COUNT(*) FROM CD WHERE CD.CI_DOC = D.CI_DOC AND CD.OBS_IN = 'Falta')AS[FALTAS S/L],(SELECT COUNT(*) FROM CD WHERE CD.CI_DOC = D.CI_DOC AND CD.OBS_IN = 'Ingreso Atrasado')AS[ATRASOS]FROM CONTROL_DOC CD,DOCENTE D WHERE AND (MES=" & mesp & ") GROUP BY D.AP_PAT,D.AP_MAT,D.NOMBRE,D.ESPECIALIDAD"