Wenas

Lo primero si es posible enviar un SendKeys a un proceso en concreto y aunque este minimzado o en modo hide se puediera enviar sin aver activado dicha ventana.

Esto Sirve de mucho pero no es lo que busco ya que activa dicha ventana y lo quiero es que se envié de otra forma en modo minimizado a un proceso en concreto.

Código:
 Private Declare Function FindWindow Lib "user32" Alias "FindWindowA" (ByVal lpClassName As String, ByVal lpWindowName As String) As Integer
 Private Declare Function SetForegroundWindow Lib "user32" Alias "SetForegroundWindow" (ByVal hwnd As Integer) As Integer

 Sub SendKeysToApplication(ByVal appTitle As String, ByVal keys As String)
 ' Find the other application.
 Dim hWnd As Integer = FindWindow(Nothing, appTitle)
 ' Exit if not found.
 If hWnd <= 0 Then
 Timer1.Enabled = False
 MessageBox.Show("La aplicación no se encuentra", "Error", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Error)
 Exit Sub
 End If
 ' Make it the active application.
 SetForegroundWindow(hWnd)
 ' Send the keys and wait.
 SendKeys.SendWait(Keys)
 End Sub

'Uso
SendKeysToApplication("Nombre de la ventana",keys:="{F1}")
Saludos, Gracias