Hola, la pregunta esta vez es la siguiente:

Hay alguna manera que al ejecutar un proyecto de instalación, el mismo determine si la aplicación ya está instalada con anterioridad y la borre si es así (o lo que es lo mismo, hacer una actualización)??.

Trabajo con .Net 2002, un saludo y gracias!!

Fíjate en las propiedades del proyecto de instalación:
RemovePreviousVersion y Version

Pon RemovePreviousVersion=True

Cuando hagas una nueva versión, cambia la versión y automáticamente te dirá que va a cambiar el ProductCode, con esto distinguirá si es una nueva versión cuando vaya a instalar y quitará la antigua

¡Ten cuidado si incluyes archivos de datos en la instalación, pues se sobreescribirán!