¿Se pueden limitar los caracteres resultantes en una encriptación DES o 3DES, de tal manera que sólo pueda dar códigos alfanuméricos (nada de caracteres extraños como retornos de carro, saltos de línea, escapes etc)?

Pues no creo, debido a que para evitar eso, se tendria que alterar el algoritmo, a lo cual pues ya no corresponderian a los algoritmos que mencionan, serian distintos.